Il Direttore Generale della Fondazione è il Prof. Vittorio Virgilio. E’ stato nominato dal Commissario Straordinario il 16 gennaio 2014.
Vittorio Virgilio arriva dall’Asp di Caltanissetta dove ha ricoperto il ruolo di commissario straordinario. Vanta una lunga esperienza professionale. Ha diretto la struttura complessa di chirurgia vascolare e il dipartimento di chirurgia dell'Arnas Garibaldi di Catania; è stato direttore generale dell'azienda ospedaliera Policlinico "Gaspare Rodolico" della stessa città e, inoltre, docente all'università di Catania in diverse scuole di specializzazione fra cui quella di chirurgia vascolare. Al suo attivo oltre 150 pubblicazioni.
Il Direttore generale della Fondazione Istituto San Raffaele G. Giglio di Cefalù ha poteri di gestione e di ordinaria amministrazione. E’ responsabile di tutti gli obiettivi fissati dal Consiglio di Amministrazione.