Il Consiglio di Amministrazione
Il Consiglio di Amministrazione è composto da cinque membri, tre dei quali nominati dai Fondatori pubblici e due dalla Fondazione Centro San Raffaele del Monte Tabor. Restano in carica cinque anni e possono essere confermati.
Al vertice del Cda siede il dr. Stefano Cirillo, nominato dallo stesso Consiglio, in data 27 marzo del 2009, in sostituzione del professore Ettore Cittadini. Ne fanno parte la dr.ssa Gianna Zoppei, vice-presidente del CdA, il dr. Renato Botti, il dr. Giuseppe Guercio e l'avv. Massimo Punzi.
Il Direttore Generale
Il direttore generale è nominato dalla Fondazione Centro San Raffaele del Monte Tabor ha i poteri di gestione e di ordinaria amministrazione. È responsabile del raggiungimento degli obiettivi fissati dal Consiglio di Amministrazione. Il DG cessa dall'incarico alla data di insediamento del nuovo CdA e può essere confermato.
Il direttore generale della Fondazione Istituto San Raffaele - G. Giglio di Cefalù è il dott. Piergiorgio Pomi.
Il Direttore Sanitario
Il direttore sanitario della Fondazione Istituto San Raffaele - G. Giglio di Cefalù è il dr. Domenico Colimberti.
Il Collegio Sindacale
Il Collegio Sindacale è composto da tre membri, dei quali due nominati dalla Regione e uno nominato dalla Fondazione Centro San Raffaele del Monte Tabor. Il Collegio nomina al suo interno un presidente. Restano in carica per tre anni e possono essere confermati.
Tutti i membri del Collegio devono essere iscritti nell'elenco dei Revisori Contabili.
Il CS è organo di controllo contabili della Fondazione e vigila sulla gestione economico - patrimoniale della stessa, accerta la regolare tenuta delle scritture contabili, esamina le proposte di bilancio preventivo e di bilancio consuntivo, redigendo apposite relazioni ed effettua verifiche di cassa.
Comitato Tecnico Scientifico - Comitato Etico
Il Comitato Tecnico Scientifico è un organo di cui si potrà dotare la Fondazione con funzioni consultive e di supporto tecnico scientifico all'attività di ricerca svolta direttamente dalla stessa fondazione, di monitoraggio e coordinamento dell'attività scientifica svolta da terzi. Contestualmente al Comitato Tecnico Scientifico la Fondazione ha istituito un Comitato Etico nel rispetto della disciplina relativa a detto organismo e con le modalità definite dal regolamento interno.